در گذشته نه چندان دور در كشور، بخش مسافري راهآهن در كنار بخش باري ايفاي نقش ميكرد. ليكن با هدف ايجاد امكان بروز تحولات اساسي و رشد كيفيت ارائه خدمات، شوراي عالي اداري در هفتاد و ششمين جلسه خود در سال 76 بنا به پيشنهاد مشترك سازمان امور اداري و استخدامي وقت كشور و وزارت راه و ترابري و در راستاي استراتژيهاي بخش حمل و نقل مسافر و سياستهاي برنامه دوم توسعه تصويب كرد كه فعاليتهاي مسافري از راه آهن ج.ا.ا. منتزع و به شركت حمل و نقل ريلي رجا واگذار شود.
اين شركت از ابتدا با سهام صد درصد دولتي و متعلق به راهآهن فعاليت ميكرد. سپس در راستاي تحقق اصل 44قانون اساسي، بر اساس مصوبه هيئت وزيران و به استناد ابلاغيه سازمان خصوصيسازي از تاريخ 1388/12/26 كليه حقوق مالكانه شركت رجا، به سازمان تأمين اجتماعي بابت رد ديون دولت واگذار شد. درحال حاضر نيز اين شركت ميكوشد با بهرهگيري از تخصص و تجربه بالغ بر 1100 نيروي كارآمد در زمينههاي مختلف مديريتي، طراحي، مهندسي، برنامهريزي، پژوهشي، بهرهبرداري، خدماترساني و تعميرات با استفاده از امكانات موجود، شرايط مطلوبتري را براي مسافران فراهم آورد.