شرکت هواپیمایی زاگرس در سال 1384 با ثبت در منطقه آزاد اروند و با ورود دو فروند هواپیمای توپولوف فعالیت خود را آغاز کرد و در سال ۱۳۸۶ با ورود دو فروند هواپیمای MD رنگ و بویی دیگر گرفت. اولین پرواز بین المللی زاگرس در سال ۱۳۸۷ با پرواز در مسیر تهران – دمشق انجام شد. این شرکت توانست در مدتی کوتاه، با افزایش تعداد هواپیماهای ناوگان خود نامی شایسته در میان شرکت های مطرح و رو به رشد کشور به دست آورد و سهم به سزایی در حمل و نقل هوایی کشور را عهده دار شود. زاگرس در تلاش است با برقراری پروازهای بیشتر در مسیرهای مختلف شهرهای ایران و کشورهای همجوار، رسالت خود را در رساندن خدمات بهتر در بخش های عملیات هوایی، خدمات فرودگاهی، خدمات مهندسی و فنی و کیترینگ به نحو احسن به انجام رسانده و با توسعه و افزایش روز افزون ناوگان خود نقش مهمی در ارایه خدمات هوایی در توسعه صنعت حمل و نقل هوایی ایران داشته باشد.