شركت ملی پالايش و پخش فراوردههای نفتی ايران در اسفندماه 1370 براساس اصل تفكيك فعاليتهای بالادستی (اكتشاف و توليد نفت خام و گاز) از پايين دستی (انتقال نفت خام و فرآورده، پالايش، صادرات، واردات و توزيع فراوردههاي نفتی) در وزارت نفت تاسيس و فعاليت های رسمی آن از سال 1371 آغاز شد. شركت ملی پالايش و پخش فراوردههای نفتي ايران به عنوان يكی از چهار شركت اصلی وزارت نفت، راهبری و نظارت بر فعاليت شركتهای فرعی شامل شركت ملی پخش فرآوردههای نفتی ايران، شركت خطوط لوله و مخابرات نفت ايران، شركت پالايش نفت آبادان، شركت پالايش نفت امام خمينی(ره) شازند اراك، شركت ملی مهندسی و ساختمان نفت ايران و شركت توسعه صنايع پالايش را برعهده دارد.
ماموريتهای شركت ملی پالايش و پخش به سه نظام توليد، انتقال و توزيع (به عنوان حلقههای زنجيره ارزش فعاليتهای پائين دستی) تقسيم می شود. علاوه بر سه نظام ذكر شده، مسئوليت ارائه خدمات مهندسی و مخابرات به شركتهای زنجيره تامين را بر عهده دارد.