در گذشته نه چندان دور در كشور، بخش مسافری راهآهن در كنار بخش باری ايفای نقش میكرد. ليكن با هدف ايجاد امكان بروز تحولات اساسي و رشد كيفيت ارائه خدمات، شوراي عالی اداری در هفتاد و ششمين جلسه خود در سال 76 بنا به پيشنهاد مشترك سازمان امور اداری و استخدامی وقت كشور و وزارت راه و ترابری و در راستای استراتژیهای بخش حمل و نقل مسافر و سياستهاي برنامه دوم توسعه تصويب كرد كه فعاليتهای مسافری از راه آهن ج.ا.ا. منتزع و به شركت حمل و نقل ريلی رجا واگذار شود.
اين شركت از ابتدا با سهام صد درصد دولتي و متعلق به راهآهن فعاليت میكرد. سپس در راستای تحقق اصل 44قانون اساسي، بر اساس مصوبه هيئت وزيران و به استناد ابلاغيه سازمان خصوصیساز از تاريخ 1388/12/26 كليه حقوق مالكانه شركت رجا، به سازمان تأمين اجتماعی بابت رد ديون دولت واگذار شد. درحال حاضر نيز اين شركت ميكوشد با بهرهگيری از تخصص و تجربه بالغ بر 1100 نيروي كارآمد در زمينههای مختلف مديريتی، طراحی، مهندسی، برنامهريزی، پژوهشی، بهرهبرداری، خدماترسانی و تعميرات با استفاده از امكانات موجود، شرايط مطلوبتري را براي مسافران فراهم آورد.